测序实验方案设计与数据分析

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二代测序、三代测序基本理论及实验方案设计

• 二代测序、三代测序原理、发展现状及应用范围

• 基因组二代测序、三代测序实验方案，包括文库选择，测序文库构建注意事项

• 转录组二代测序、三代测序实验方案，测序文库试剂的选择和使用心得等

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生物信息学中的计算机技术（上机）

1. Linux在生物信息中的应用

2. 生物信息分析中常用的Linux命令

• 用户权限介绍

• 软连接和硬链接介绍

• 环境变量配置介绍

3. 生物信息分析平台的初步建立

4. 生物信息云平台介绍及使用方法

5.生物信息基本技能

• GenBank介绍及序列获取

• 局部比对工具：blast

• 全局比对工具：Clustal

• 进化发育树构建

• 限制性酶切位点的查找

• 基因开放读码框的识别

• 真核基因启动子区域的预测

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NGS中的基因组分析（上机）

1. 分析工具介绍

2. 平台数据介绍

3. 基因组常规分析和深度分析

4. 全基因组/外显子组测序分析介绍

5. De novo测序分析介绍

• 基因组NGS数据分析：

• 通过对NGS工具的安装、配置、运行来熟悉Linux环境下的生物信息分析软件；

• 重测序的分析流程；

• 原始测序数据的质控及过滤估、拼接组装、SNPCalling等分析过程；

• FastQC、BWA、Samtools等工具的使用

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NGS中的转录组分析（上机）

1. 分析工具介绍

2. 平台数据介绍

3. 转录组常规分析和深度分析

4. RNA-Seq测序分析介绍

• 转录组NGS数据分析:

• 原始数据的质量评估、拼接组装、转录表达差异等分析过程;

• Bowtie、TopHat、Cufflinks等工具的使用

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R语言入门及绘图实例（上机）

1. R语言的介绍

2. R语言的程序包

3. 数据管理

• R的函数

• R的对象

• 数据操作

4. R语言绘图