• 测序实验方案设计与数据分析

测序实验方案设计与数据分析

如何选择二代测序/三代测序文库?如何优化测序实验方案?如何了解并掌握测序数据分析流程?二代测序/三代测序实验方案与数据分析精品培训班由中科院一线项目经验丰富的科研人员授课。本精品班采用微型班授课方式,每班不超过12人。课程内容针对性极强、上机实践比重更达到70%。整套课程教学目的明确,从二代测序、三代测序(单分子测序)实验方案的宏观到细节再到注意事项的讲解,为项目能产出更有效的测序数据打下坚实的基

如何选择二代测序/三代测序文库?如何优化测序实验方案?如何了解并掌握测序数据分析流程?

二代测序/三代测序实验方案与数据分析精品培训班由中科院一线项目经验丰富的科研人员授课。本精品班采用微型班授课方式,每班不超过12人。课程内容针对性极强、上机实践比重更达到70%。整套课程教学目的明确,从二代测序、三代测序(单分子测序)实验方案的宏观到细节再到注意事项的讲解,为项目能产出更有效的测序数据打下坚实的基础,上机实践课程贯穿从测序数据下机后质量评估、数据筛选到基因组分析、转录组分析整个流程!



内容

课时

1

二代测序、三代测序基本理论及实验方案设计

  • 二代测序、三代测序原理、发展现状及应用范围

  • 基因组二代测序、三代测序实验方案,包括文库选择,测序文库构建注意事项

  • 转录组二代测序、三代测序实验方案,测序文库试剂的选择和使用心得等


2

生物信息学中的计算机技术(上机

1. Linux在生物信息中的应用

2. 生物信息分析中常用的Linux命令

  • 用户权限介绍

  • 软连接和硬链接介绍

  • 环境变量配置介绍

3. 生物信息分析平台的初步建立

4. 生物信息云平台介绍及使用方法

5.生物信息基本技能

  • GenBank介绍及序列获取

  • 局部比对工具:blast

  • 全局比对工具:Clustal

  • 进化发育树构建

  • 限制性酶切位点的查找

  • 基因开放读码框的识别

  • 真核基因启动子区域的预测


3

NGS中的基因组分析(上机

1. 分析工具介绍

2. 平台数据介绍

3. 基因组常规分析和深度分析

4. 全基因组/外显子组测序分析介绍

5. De novo测序分析介绍

  • 基因组NGS数据分析:

  • 通过对NGS工具的安装、配置、运行来熟悉Linux环境下的生物信息分析软件;

  • 重测序的分析流程;

  • 原始测序数据的质控及过滤估、拼接组装、SNPCalling等分析过程;

  • FastQC、BWA、Samtools等工具的使用


4

NGS中的转录组分析(上机)

1. 分析工具介绍

2. 平台数据介绍

3. 转录组常规分析和深度分析

4. RNA-Seq测序分析介绍

  • 转录组NGS数据分析:

  • 原始数据的质量评估、拼接组装、转录表达差异等分析过程;

  • Bowtie、TopHat、Cufflinks等工具的使用


5

R语言入门及绘图实例(上机)

1. R语言的介绍

2. R语言的程序包

3. 数据管理

  • R的函数

  • R的对象

  • 数据操作

4. R语言绘图



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