• 转录组研究策略及RNA-seq数据分析

转录组研究策略及RNA-seq数据分析

转录组研究策略及RNA-seq数据分析专题强化培训班以第二代测序、第三代测序(单分子测序)在转录组学中的应用与RNA-seq数据分析为主题,精心设计了具有前沿性、实用性和针对性的理论课程和上机课程。理论课程由担任国家973计划(转录组方向)首席科学家、国家自然科学基金重点专项负责人于军、胡松年等多位研究员亲自授课,上机课程由实践经验丰富的一线科研人员带领学员亲自实践RNA-seq数据分析流程。1L

转录组研究策略及RNA-seq数据分析专题强化培训班以第二代测序、第三代测序(单分子测序)在转录组学中的应用与RNA-seq数据分析为主题,精心设计了具有前沿性、实用性和针对性的理论课程和上机课程。理论课程由担任国家973计划(转录组方向)首席科学家、国家自然科学基金重点专项负责人于军、胡松年等多位研究员亲自授课,上机课程由实践经验丰富的一线科研人员带领学员亲自实践RNA-seq数据分析流程。

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Linux零基础和数据分析

  • Linux操作系统简介

  • Linux客户端的安装、配置及使用方法

  • 数据分析常用Linux命令讲解及操作

3h
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服务器架构及环境搭建

  • 服务器种类介绍

  • 基因组学、转录组学数据分析平台硬件需求(服务器集群组合模式)

  • 生物信息学分析平台软件安装举例实操

  • 云平台应用简介

3h
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转录组学研究综述

  • 基因组学发展不同阶段的研究对象和研究目标

  • 转录组学在精准医学研究中的重要地位

  • 转录组学研究方法和科学目标

  • 转录组信息多层次剖析进展

  • 基因组生物学之“五行”与五流同悟

  • “平衡与跌倒”假说

3h
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基因转录组的测定及分析

1. 转录组研究的发展历程:从EST、SAGE到表达谱芯片和RNA-seq

2. 利用一代测序技术进行转录组学研究及实例分析

  • 大规模表达序列标签(EST)应用

  • 大规模表达序列标签(EST)测定与分析流程

3. 利用二代测序技术进行转录组学研究

  • 二代测序技术基本知识介绍,常用软件,技术路线

  • 基因表达谱分析

  • 差异基因功能注释

  • WAP-RNA 软件介绍

4.使用二代测序技术的RNA-seq(以下简称RNA-seq)的质量标准:生物学重复、物种特点、数据量需求、RNA完整性指标

5.RNA-seq技术路线详解:实验设计、数据获得、数据处理、功能分析

6.实例介绍:不同生长年份的人参转录组比较分析

7.原核生物转录组研究

8.三代测序技术简介

6h
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RNA-Seq实验流程详解

  • RNA-Seq样品制备

  • RNA-Seq样品质控

  • RNA-Seq文库构建:

  • 目标RNA分离方法比较

  • mRNA-Seq文库和lncRNA-Seq文库构建

  • 链特异性文库构建方法比较

  • Small RNA-Seq文库构建方法比较

  • RNA-Seq文库质控

  • RNA-Seq上机测序

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转录组denovo拼接及数据分析(上机)

  • 转录组denovo拼接及分析流程

  • 测序结果的质量评估

  • 序列预处理(去除低质量及短序列)

  • Denovo组装软件比较

  • 转录组数据的denovo拼接

  • 拼接结果评价

  • 计算转录本表达量

  • 差异基因的提取和聚类

  • 预测蛋白编码框

3h
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基于二代RNA-Seq的转录组学分析(上机)

  • 原核转录组学研究现状、分析流程和常用软件绍

  • 原始数据获取、预处理和Reference的准备

  • Reads和基因组序列的比对(TopHat)

  • 转录本组装(Cufflinks)

  • 转录本整合(Cuffmerge)

  • 差异基因分析(Cuffdiff)

  • 差异基因图形化展示(CummeRbund)

  • 差异基因分析(DESeq)

  • 样品聚类和差异基因聚类分析(MeV)

  • 后续功能分析常用软件和数据库简介

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miRNA二代测序数据分析(上机)

  • miRNA背景知识介绍

  • 已知miRNA表达量统计

  • 新miRNA预测

  • 差异表达分析

  • miRNA靶基因预测软件及数据库

  • 不同靶基因预测方法的比较

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转录组功能分析演示与上机

  • 基因功能注释(blast, interproscan)

  • 基因功能分类(GO, blast2go, WEGO, GOSeq)

  • 代谢通路富集(KEGG, DAVID)

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