免费数据分析体验,火热报名中!

免费数据分析体验服务

尊敬的各位老师好,北京路思达生物信息科技有限公司限量推出免费的数据分析体验服务,如果您有宏基因组测序数据(16s、18s、ITS和Shotgun)和表达谱数据(RNA-seq、Gene Array、蛋白组学数据等),欢迎您来体验由我公司免费提供的数据分析服务,我们将借助QIAGEN优秀的生物信息分析软件,为您的测序数据带来深度解析。


活动区域及范围

    北京市、天津、河北、河南、山东、山西、内蒙古、黑龙江、吉林、辽宁

    仅限前50名报名者,先到先得!活动截止至2018年10月31日!


数据分析服务范围及相关报告

1. 宏基因组靶标测序数据分析MGM

基于16s、18s或ITS的靶标测序数据。数据量为一对样本(Case-Control)或单个样本。客户需尽量提供已去除接头的reads文件,即Clean data。

分析报告:测序质量报告-QC、微生物组分及定量结果(OTU Table)、基于MUSCLE的OTUs比对、基于Maximum Likelihood Phylogeny的OTUs进化树构建、Alpha多样性分析(Total number、Chao 1 bias-corrected、Chao 1、Shannon entropy、Simpson`s index和Phylogenetic diversity等算法)、Beta 多样性分析(Bray-Curtis、Jaccard、Euclidean、Unweighted UniFrac、Weighted UniFrac、Weighted UniFrac not normalized、D_0 UniFrac和D_0.5 UniFrac等算法)、差异富集分析、PERMANOVA 分析、Heatmap等。

2. 宏基因组Shotgun测序数据分析MGM

既可以实现微生物组分分析,又可以实现功能分析。数据量为一对样本(Case-Control)或单个样本。客户需尽量提供已去除接头的reads文件,即Clean data。每个样本的文件大小控制在5G左右,支持去除宿主DNA污染。

分析报告:测序质量报告-QC、宿主reads去除报告、微生物组分及定量结果(Taxonomic Profile)、 Alpha多样性分析、Beta 多样性分析、微生物各组分的差异富集分析、从头拼接结果、MetaGeneMark基因预测结果、Pfam和GO注释结果、基因功能差异富集分析、PERMANOVA 分析、Heat map等。

3. 表达谱数据分析IPA

       客户需提供基因或蛋白的表达谱数据,文件格式为Excel,含分子ID和表达值信息(Fold change或P-value等),研究物种为人或大小鼠

       Core Analysis分析报告:Summary -总结主要结果;Canonical Pathway - 显著相关的信号通路或者代谢通路,以及该通路是被激活还是被抑制了;Upstream Analysis - 预测是由哪些调控因子引起了数据集中这些分子的差异表达,以及这些上游调控因子是被激活了还是被抑制了;Diseases & Functions - 数据集中这些分子的差异表达可能导致哪些疾病或与哪些生物学过程相关;Regulator Effects - 提出假设:这些上游调控因子的激活或者抑制如何通过调控这些差异表达的分子,导致了下游表型(生物学功能的改变或者疾病的发生);Networks - 基于INGENUITY Knowledge Base,自动绘制的一些无方向性的分子互作网络,或许可用于解释您所研究内容的分子机制。


所用软件介绍

Microbial Genomics Module(MGM)

Microbial Genomics Module是集成在CLC Genomics Workbench软件中的一个插件,可实现基于靶标测序(16s、18s和ITS)和Shotgun测序的微生物宏基因组数据分析,如微生物组分分析及定量、功能组分分析(基于Pfam和GO数据库)、α和β多样性分析、Heatmap绘图、PERMANOVA分析等。此外,该插件还可实现基于NGS的微生物多位点序列分型和流行病学研究,常用于食品安全和公共健康的监管。本插件内置有数据库下载工具,支持一键下载微生物参考序列、病原微生物参考序列、扩增子参考序列(16s、18s和ITS)、抗性基因序列、Pfam和GO等数据库。

INGENUITY Pathway Analysis(IPA)

IPA是一款基于云计算的生物通路分析软件,以高度结构化的生物信息数据库 INGENUITY Knowledge Base为基础,一方面可以查询基因、蛋白、药物、通路等的相关信息,探索分子与疾病的因果网络;另一方面可对基因表达数据、蛋白质组、磷酸化蛋白质组、基因组变异和microRNA等组学数据进行深入挖掘,如经典通路分析、上游调节因子分析、下游调控效应分析、调控效应网络分析、因果网络分析和分子网络模型构建等。IPA作图优美,可直接用于发表。目前,在谷歌学术中可检索到的IPA引用文献为62100篇。


报名方式

1. 登陆北京路思达公司官网http://www.lucidusbio.com,在“联系我们”-“数据分析体验”页面进行在线申请。

2. 发送报名信息到邮箱:zhangyc@lucidusbio.com,请注明联系方式。

    如您有任何疑问,欢迎致电北京路思达:010-82696760!


软件的分析结果图展

1. IPA

Canonocal Pathway

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Diseases & Functions

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Networks

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Comparison Analysis

7.png

Molecule Activity Predictor (MAP)

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Upstream Regulator

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2. CLC Genomic Workbench (Microbial Genomics Module)

OTU Table

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α Diversity

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β Diversity

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Heat Map

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