• CLC  一代测序数据 MLST 分型

CLC 一代测序数据 MLST 分型

Multi-locus Sequence Typing Module 多位点序列分型插件多位点序列分型(multi-locus sequence typing, MLST)是一种基于核酸序列实现的细菌或真菌的分型方法,通过PCR扩增多个管家基因内部片段(约450~500bp)并测定其序列,分析菌株变异,实现菌株分型。CLC Genomics Workbench 中有两个与MLST分型相关的插件-&

Multi-locus Sequence Typing Module 多位点序列分型插件

多位点序列分型(multi-locus sequence typing, MLST)是一种基于核酸序列实现的细菌或真菌的分型方法,通过PCR扩增多个管家基因内部片段(约450~500bp)并测定其序列,分析菌株变异,实现菌株分型。

CLC Genomics Workbench 中有两个与MLST分型相关的插件- CLC MLST Module  和 CLC Microbial Genomics ModuleCLC Microbial Genomics Module插件可实现一代测序数据和二代测数据的MLST分型检测,而CLC MLST Module仅可以实现一代测序数据的MLST序列分型,今天我们先介绍一下如何使用CLC MLST Module实现一代测序数据的MLST分型分析。

准备:CLC Genomics Workbench软件,以及CLC MLST Module插件。

步骤:1. MLST Schemes数据库下载(或自定义);2. 序列组装及分型(Assemble and create isolate

1. MLST Schemes下载

MLST scheme是做MLST分型所需要的数据库,可直接从数据库下载,或者由CLC软件中已导入的序列创建而成,具体有三种方法,如下。

1.1下载来自PubMLST.orgMLST.net University of WarwickMLST scheme 数据库。

Multi-locus Sequence Typing | MLST Schemes | Download MLST Schemes

1490951004107932.jpg

在这个对话框中选择对应的物种,这里的数据库来源于。点击“Next”,选择保存位置,点击“Finish”。

1.2 指定MLST schemes的下载链接

         1490951033395849.jpg

提供MLST scheme的下载链接进行下载。

1.3 新建(自定义)Schemes

         Multi-locus Sequence Typing | MLST Schemes | Create MLST Scheme

1490951076268819.jpg

首先要定义好要分析的位点(基因)有哪些,在下一步中,要定义每个位点(基因)的一系列序列信息,如图。

1490951098104610.jpg

在文件导航栏中双击可以查看下载好的或者新建的MLST schemes,如下图:

1490951130130803.jpg

备注:Sequence type (ST)7个常用的位点(arcC, ddl, gki, recP, tclk, tpi, yqiL)。

2. 序列组装及分型(Assemble and create isolate

2.1首先导入一代测序数据,通过Import | Sanger 导入14条(7个位点,正反向测序)测序序列,如.abi格式等。

2.2 Multi-locus Sequence Typing | Assemble and Create Isolate

在对话框中,将14条序列选到右边来。

  1490951168103685.jpg

      在下一步中,定义好参考Scheme,设序列定比对参数,如下。

1490951195223722.jpg

      指定各位点对应的测序序列,如下。

1490951216459579.jpg

1490951237137688.jpg

最后,选择保存位置,点击完成!

结果

1490951269535487.jpg

从结果中,可以得知每个位点的分型结果,以及这个菌株的分型结果。可导出或者打印结果。


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