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CLC Genomics Workbench

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CLC Genomics Workbench是一款生物信息学综合分析工具,可用于基因组学、转录组学和表观基因组学的数据分析。 本软件的操作界面友好直观,支持Mac OS X,Windows和Linux平台。并且涵盖了Main Workbench的所有功能,此外,还集成了workflow功能。

CLC Genomics Workbench 是第一个综合的软件分析包,可分析和显示所有主流测序仪产生的数据,如一代 Sanger 测序数据、二代 SOLID、454 以及  Illumina 和 Ion Torrent 的数据、三代 PacBio 的数据,以及多种中间格式的数据如 SAM/BAM 等组装结果数据、GTF/GFF/GVF 等注释文本数据以及自己 编写的表格格式的数据。CLC Genomics Workbench 可在Mac OS X,Windows 和 Linux 平台运行,软件的运行系统由你选择。


NGS 数据分析

CLC Genomics Workbench 可以实现:对来自上述测序平台产出的原始数据的质量控制,包括原始数据的质量评估和 data trimming 以及 PCR duplication 的去除;多样本数据的自动分离;基因组数据的从头组装、重测序数据的 mapping、SNP/InDel/CNV/SV 突变检出和注释、比较基因组数据的分析以及结果的图形化展示;RNA-seq 数据的差异表达分析和统计测验以及结果作图;小RNA数据的 mapping、聚类和二级 结构预测及功能注释;标签表达谱数据的分析;表观遗传学 ChIP-seq 数据的分析等等。


基本分子工具、Workflow 和相关插件

除了高通量数据分析,CLC Genomics Workbench 可以实现常规分子生物学实验室的几乎所有生物信息学分析内容,如序列格式转换、多序列比对和进化发育树构建、序列开放读码框查找、序列 特征参数分析、特征序列检索、BLAST、序列修剪和组装、引物和探针设计、限制性酶切位点分析和克隆图谱构建、蛋白质二级结构预测。在这些分析组件基础 上,workflow 功能可以实现完整的工作流,和软件提供的 Batch 批量分析功能结合,可以实现从原始数据导入到最终结果报告的批量分析,数据分析效率极高。此外,软件的 Plugins 插件功能提供了其他强大的分析功能,绝大多数为免费插件,可以根据自身需要灵活加载使用。


与其他软件相比,CLC Genomics Workbench 的优势主要表现在:

图形化用户界面,安装和操作简单,类似 Office 软件的使用,无需命令行和编程技能,结果可以直观查看,并支持多种格式的输出,其图表结果可以直接用来发表文章。

• 支持包括Mac、Windows 和 Linux 在内的多种操作系统平台,支持目前主流的所有测序平台数据和来自第三方软件的中间结果数据的导入分析和混合平台数据的分析。

• 自整合和开发的专有算法,较其他软件在分析速度和质量上都有明显优势。

• 软件自身整合了所有必要的功能,无需像其他软件间繁琐的上下游数据的格式转换,Workflow 功能更能轻松自定义工作流,加上 Batch 批量分析,快速高效分析海量测序数据。

• 除了计算能力,CLC Genomics Workbench 提供了灵活的工作队列系统,轻松整合其他应用程序和共享数据以及一系列的其他功能,确保你的高通量序列分析在快速、安全、和灵活的IT环境下运行。

• 使用说明文档和样本数据分析教程内容详尽,官网有每个功能组件的视频教程,上手容易。

• 软件的支持和维护服务周到,软件的开发维护团队强大,改进和升级速度快。

目前国内有众多客户在使用此分析平台。他们感觉 CLC Genomics Workbench 操作简单,无需编程,结果直观并且图表可以直接发表,数据处理速度快,对硬件要求也不高,升级提醒和技术支持及时,节省了人力和时间成本,极大地提高了科研效率。



系统要求

  • Mac OS X 10.6 或者更高版本;Intel 处理器;在64位 Intel 系统中支持Mac OS X 10.5.8

  • Win XP/Vista/Win7;Windows Server 2003/2008

  • Linux:  RedHat5 或更高版本;SuSE10 或更高版本

  • 64位计算机或操作系统,建议内存不低于2GB

  • Intel 或 AMD 的中央处理器

  • 小的数据集要求 2-4GB 

  • 大的数据集要求16-32GB 

  • 1024×768 的分辨率


CLC Genomics Workbench QQ 学习交流群:175136595  


官网链接

CLC Bio company

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QIAGEN 生信产品介绍


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