• JoinMap V4.1

JoinMap V4.1

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JoinMap 4.1版本唯一但是也是最重要的改进是基于CP类型群体的多点最大似然法匹配算法,如远交物种全同胞家系。新方法对CP类型群体的计算密度图有非常高的计算速度。例如,约250个高质量SNP标记的连锁群估计只需8分钟(在特定的PC上)。

JoinMap 4.1 版本唯一但是也是最重要的改进是基于 CP 类型群体的多点最大似然法匹配算法,如远交物种全同胞家系。新方法对 CP 类型群体的计算密度图有非常高的计算速度。例如,约 250 个高质量 SNP 标记的连锁群估计只需 8 分钟(在特定的 PC 上)。该方法在下述文献中描述:

Van Ooijen, J.W. (2011). Multipoint maximum likelihood mapping in a full-sib family of an outbreeding species.
Genetics Research, accepted: June 2011, published: (2011) 93, 5, 343-349.


新增功能

新版本增加了许多新的功能,其中一些功能改进了用户界面,其他的则提供了更强大的研究方法,例如:

  • 数据处理:复制粘贴 Excel 中的标记数据到 JoinMap,可以轻松发现编码错误;

  • 新的群体类型:任何既定世代的高代自交家系(advanced intermated families)和回交系;

  • 更多参数研究连锁群信息:连锁 LOD,独立检验 P 值,重组频率;

  • 应用已有图谱(多群体的)或已有群体创建新群体的连锁群,这一功能在群体中使用已知图谱位置的标记时以及用额外的标记扩展您的图谱时非常好用;

  • 用所谓的最强交叉连锁信息验证标记在群体上的分配;

  • 基于新的匹配算法的高密度图的超快计算(对远交全同胞家系,新的匹配算法仅限于假测交分析,如;亲本各自的减数分裂图)

  • 了解合理的标记匹配位置;

  • 图形化的基因分型;

  • Bar 和 XY 图表;

  • 打印预览。


产品特色

  • 直观的 MS - 窗口用户界面,其上添加了许多实用功能;

  • 所有分析基于一个内部灵活布局的纯文本形式的输入文件;

  • 也输入 MAPMAKER 生数据形式(数据类型:f2 杂交,f2 回交,自交);

  • 实验群体类型:BC1、F2、RIL、F1 衍生的和 F2 衍生的 DH,远交全同胞家系;

  • 连锁群的强大检测能力;

  • 远交全同胞家系的连锁相的自动检测;

  • 实际图计算前后的一些诊断:分离畸形测验、相似基因座检查、个体相似性检查、为发现双交换的基于图谱和侧翼基因型的基因型概率计算、不同群体的重组异质性估算检测;

  • 得出多种来源数据的整合图;

  • 示意图表,有许多可调整参数,可输出到 MS-word 和 MS-PowerPoint;

  • 拷贝数据到剪贴板以在 MS-Excel 中使用;

  • 复制或输出结果,例如输出图到MapQTL中使用;

  • 除计算机物理内存(RAM)外没有基因座、连锁群等的数量限制;

  • PDF 版的使用手册;

  • 好用的 InstallShield 安装程序。


不足

该版本不适用处理数以千计的(SNP)标记。数据集节点和页面组群的能力极大地依赖于可用的 RAM 内存。由于软件是 32 位,仅能最多使用4 GB 内存。因为该内存也被 MS-Windows 操作系统自身占用,实际最大可用内存仅 2 到 3 GB。当运行 JoinMap 在 64 位 MS-Windows 上时,最大内存也是相同的,任何 64 位计算机多出的内存都不能使用。数据集节点和页面组群测试可处理 100 个个体的 3000 个标记。高密度作图算法能成功处理 300 个高质量标记的连锁群。移除巨大数据集的冗余后 JoinMap 可能能够处理这些数据。


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