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MapQTL V6

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用户友好的QTL分析专家         MapQTL是分析二倍体物种的实验种群数量性状位点(QTL)的一个计算机软件。QTL分析可检测负责研究的数量性状中表型突变的基因组区域和估计相关的基因型效应。软件可用区间作图法、强大的MQM作图和非参数方法分析QTL实验。MapQTL是MS-Windows软件,使用简单,运行速度快。   

MapQTL 是分析二倍体物种的实验种群数量性状位点(QTL)的一个计算机软件。QTL 分析可检测负责研究的数量性状中表型突变的基因组区域和估计相关的基因型效应。软件可用区间作图法、强大的 MQM 作图和非参数方法分析 QTL 实验。MapQTL 是 MS-Windows 软件,使用简单,运行速度快。

该软件的概念知识如下。marker 观察、数量性状观察和遗传连锁图谱的数据准备的第一步即下载数据到所谓的 project 中,也就是软件的工作区域。这三个输入文件为相对简单的纯文本格式。图谱必须用遗传连锁作图的计算机软件如 JoinMap、MAPMAKER 预先计算。然后分离 QTLs 分析的性状必须用鼠标(或键盘)在图形用户界面中选中,图谱和连锁群的相似性必须选中,选中分析类型,各种其他的计算参数可能需要调整到最适再开始分析。每个成功的分析结果被保存在所谓的可立刻查看及之后随时查看的部分。结果可输出到文件中,拷贝到大多数 MS-Windows 文本处理、显示和电子数据表格软件中。

现在的版本 6 较之前的版本 5 处理器有些重要的新特色。主要的一个是最大似然区间和 MQM 作图的回归近似。区间作图的回归方法被 Haley 和 Knott 以及 Martínez  和 Curnow 分别独立引入。回归方法的优势是有一个数量级的速度提高和 RAM 内存耗用降低,而近似质量通常都相当好。在可分析的已经很大的群体类型列表中又增加了三个:F2 产生的双单倍体家系、高代回交系家系和高代自交系家系。另一个特色即分析简单实验设计(如阻断)和联合区间与 MQM 作图的协变量的分析,这可能增加 QTL 分析的能力和精度。最终,多群体观察到的性状可以联合基于共同的(整合的)连锁图谱的区间和 MQM 作图的群体进行分析。


特色

  • 直观的 MS-Windows 用户界面;

  • 众多的实验群体类型:第一代回交、F2、重组自交系家系、F1 产生的双单倍体家系、F2 产生的双单倍体家系、advanced 回交自交系家系、高代自交系家系和远交全同胞家系;

  • 质量性状数据、分子标记基因型和(预先计算的)连锁图等灵活分布的简单文本文件输入,图谱和分子标记数据与 JoinMap 兼容;

  • 全同胞家系(异交)(outbreeder full-sib family)区间作图改进为“all-markers”作图,利用所有连锁标记的分离信息,每个连锁标记可能追踪了不同的分离类型,用2到4个等位位点(连锁相必须已知);

  • MQM 作图,其中标记作为辅因子吸收附近 QTLs 的效应,从而增加匹配其他分离的 QTLs 的能力;甚至可能对连锁的 QTLs 进行分离和作图;

  • 使用逆向清除程序自动选择辅因子以轻松得到 MQM 作图的辅因子集;

  • 无需数据残差的正态性假设即可决定区间作图显著水平的置换检验;

  • 单个项目中的多种群和图谱;

  • 分析结果保存在可随时查看的部分;

  • 清楚排列的结果,大多以可调整和可分类的表格显示;

  • QTL 图表,有许多可调整参数;

  • 结果和图表可输出到大多数 MS-Windows 文本处理和显示的软件中;

  • 打印预览;

  • PDF 格式的使用手册;

  • 好用的 InstallShield 安装程序。

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