IPA-2017夏季版来了!

功能改进:可在IsoProfiler中探索更多组织生物学水平内容

现在,IsoProfiler集成了GTEx数据库,允许您在51种不同人类组织RNA-seq生物学内容的的前提下,对您的表达谱数据实现进一步分析,比如:

1. 您的数据集中那些差异表达的转录本是不是仅在某一种或多种特定组织中表达?比如说,它有没有可能仅在某种特定组织中成为药物的可能靶标分子。

2. 该基因是否有其它转录本也表达在同一种组织中?

3. 在您的数据中,哪些转录本是特异表达在肝脏或其它组织中的?

4. 在您的数据中,那些转录本是组织富集的?比如说仅富集在某一种组织或某几种组织中。

5. 对于指定的某一个基因,在特定组织中,哪些转录本是高表达的,哪些是低表达的?

 

下面所用到的GTEx数据为OmicSoft(一个QIAGEN收购的公司)处理得到的数据,并进一步使用Ensembl 88RefSeq 80基因模型,对每种组织中的每一个转录,计算RPKM中位值,这些数据再提交到IPA中的IsoProfiler中,并同时计算组织富集度分数。IsoProfiler允许您基于多种设定对RNA-seq数据中的转录本进行过滤,如上下调、转录本的富集程度和组织表达特异性。

 

 1展示了肝癌细胞(hepatocellular carcinomaRNA-seq数据过滤后的基因及其转录本。过滤条件为:位于数据集中;富集于肝脏中;编码蛋白;基因与hepatocellular carcinoma相关。

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您可以在一个线图中快速查看某个基因所有转录本的表达水平,如图2。单击图1FGL1-204基因全部转录本列表中的蓝色“3 tissues”,可以打开GTEx记录的该转录本在不同组织中的表达情况线图,以黄色着重显示。可以看到,该转录本富集于肝脏中。事实上,该转录本在肝脏中的表达水平是这51种组织表达值中位数的9000倍。

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多个Filter参数的结合结果,暗示FGL1基因,更确切的说是FGL1-204这个转录本,可以作为一个相关的标志物:它与HCC相关(来自Ingenuity Knowledge Base记录的一篇文献 - PMID 14981537),可以编码蛋白,为肝脏组织高特异表达。结合了GETx数据库的IsoProfiler可允许您在转录本水平进行更多创新性的研究!

 

注:IsoProfiler仅为Advanced Analytics license用户可用,更多产品信息请来电咨询:010-82696760


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