CLC Genomics Workbench V8.5 版本发布

发布日期:2015年9月8日


1、新的特点和改进

  • Sequencing QC report现在包括所有的reads

  • 在筛选工具中新增了=> 和 <=

  • 在变异检测的结果中新增了质量得分值,在输出的vcf文件中也包括

  • 现在可以进行批量选择,以前不可以多选文件夹

  • Search for Sequences at NCBI --这项工具可以搜索EST数据库

  • 当处理大量数据时,改进了内存管理因素

  • 当运行Create  Detailed Mapping Report工具时,进行了多内核的改进使用

  • 当运行 Structural Variants tool工具时,进行了多内核的改进使用

  • Reverse Complement Sequence 的输出结果加了'-RC'的后缀,以前是“-1”

  • Hierarchical Clustering of Samples 可以作为workflow的一部分并且在CLC Genomics Server上运行

  •  fastq格式的输出可以最大输出500Kbp的序列,以前是32Kbp

  • 对系统发生树的工具提示中显示所附序列的描述

  • 当使用 "Open  Copy  of Workflow"对workflow进行复制时,显示的workflow名称中不再添加数字

  • 元数据管理,跟踪输入文件并将原始信息导入您的样本中


2、改变

  •  "ChIP-Seq Analysis" 更名为 "Transcription Factor ChIP-Seq"


3、bug修复

  • 修复了SOLID NGS的输入bug,当输入低质量,SOLID,paired-end的fastq格式reads时,在列表中的paired序列中错误的序列也会被标记为paired

  • 对 Map Reads to Contigs工具作为workflow的一部分时,当有大量的输入时运行很慢的问题进行了修复

  • Annotate and Merge Counts工具中,当输入数据类型为“experiment”时,"grouped on mature" 中 Feature ID 中的 mature 3' small RNAs 显示错误进行了修复

  • 对一些筛选选项进行了修复,如 "doesn't contain" 不正常运行当对包含很多信息的文档进行筛选时

  • 修复了自动链接到 COSMIC网站,以前链接的为已经废弃的旧版

  • 修正了一个注解,当注解位于环形序列的两端时  Circular  Sequence View中在错误的地方显示

  • 修复了导致workbench死机的一个bug,当某些环形序列有放射性标签注解时

  • 对 Create Box Plot 和 Principal Component Analysis 中有时遇到争议并提示错误信息的情况进行了修复

  • 对很长的一段序列(>1000 nucleotides)使用 Predict Secondary Structure 进行预测时,修复了其中的一个bug,其会阻止序列列表的gel view副栏中正确应用和存储

  • 从Genomics Workbench去除了 Illumina的接头序列

  • 修复了当workflow扩大到最大进行查看时不能再缩小的问题

  • 修正了从阻止根文件夹在Windows驱动器中被用作文件位置的问题

  • 修正了对已经安装在 Windows中的程序进行更新时导致 .vmoptions文件夹删除的问题,这个文件夹是保证Workbench在默认的java配置中运行

  • 修正了输出结果中某些情况下包含的错误的作者信息的问题


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