CLC Genomics Workbench V8.0.1 版本发布

发布日期:2015年4月16号


新的功能改进:

  • 前版本的插件  "Duplicate     Mapped     Reads     Removal" 现在已经整合到了   "Remove   Duplicate   Mapped Reads"这个工具当中,该工具可以在NGS Core toolbox下边找到。以前安装过该插件的用户需要先将该插件卸载。

  • Link   Variants   to   3D   Protein Structure现在可以产生全面的生物分子:即使PDB模板只包含一个单一的亚基,充分多聚体可以从对称性中生成信息。这就可以将变异位点定义到蛋白质链的界面当中。

  • Create Track from Experiment tool 的筛选选项只考虑倍数增加的这一方面,所以如果样本的表达值降低的话会被过滤掉。这一项还没有修正。

  • BLAST升级到了 BLAST+ 2.2.30 版本,进行了一系列的改进和补丁修补。 BLAST+  2.2.30的修改可以在以下网站上查看: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK131777.

  • 转录组实验结果和样本的表格可以进行排序,即使有很多行。

  • 很多的注释类型结果可以以以下几种方式输出了: Excel, HTML 和制表符分隔的格式。

  • "Annotate and Merge Counts"的输出结果中增加了一列(当选用 "grouping on mature"这个参数时),会给出方向3' or 5'。

  • 增加了gzip的输出功能。


Bug修复:

  • 修复了当使用blast searches at the NCBI 工具时遇到的一个问题:当NCBI由于CPU使用达到限制而产生的运行错误,他们不会给出相应的原因说明而是直接出现结果“no hit”。

  • 修正了一个错误,极少数情况下在 Annotation Table中选择行时会导致除零错误信息。

  • 修正了一个错误,Annotation Table中如果table是空的情况下就不能再添加注释信息了。

  • 修复了在少数情况下遇到的一个问题:reads tracks和graph tracks组成的track list会出现损坏的现象。

  • 修复错误:当左击鼠标后快速的右击在OS X中会被认为双击(在一个持久性的搜索结果中,在toolbox工具栏中,和workflow的编辑器中)。

  • 修复了当运行Create Sequencing QC Report 时要求出现的质量分析的报告时出现的错误。

  • 修复了阻止从csv格式的文件中输入接头序列时出现的错误。

  • NGS数据输入时,fastq文本中的序列将其矫正为basespace的编码格式。软件仍会假定为序列起始于colorspace。

  • filter选项中增加了 'Link Variants to 3D Protein Structure' 这一项。

  • 修复错误:如果CDS少于3个碱基时 Amino Acid Change 工具会崩溃。

  • 基因组的自动下载中增加了玉米、线虫的数据。

  • 修补了一个bug,这个bug可以导致 probabilistic variant工具对于某些的输入数据不能识别。

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