CLC Genomics Workbench V7.5.1 版本发布

发布时间:2014年10月28日


新特色和改进:

  • “Filter Annotations on Name”现在可以从极大的文件中插入名字来过滤。之前过滤的文件最大为10KB,现在增加到20MB。

  • RNA-Seq Analysis:可以获得的每个基因的ENSEMBL gene id已经作为单独的一列添加到gene expression track输出中。

  • 对染色体数目众多的基因组进行ChIP-seq分析的性能提高了。

  • 现在可以实现无需输入来运行Workflow。


修正的错误:

  • 修正了Set Up Experiment 工具中出现的错误。现在只有在单个的样本中存在的外显子相关的表达值才能被选择。

  • 当创建成对的实验数据集时,子实验不再看起来像是成对的。这个问题现在解决了,之前版本中创建的子实验在这个新的版本中将包含成对信息。

  • Pfam筛选错误被修正了。在检索时Pfam只报告每种类型的第一个结构域,结果有许多结构域都被丢失了。我们建议依靠Pfam注释的研究工作在这个版本中重新运行。

  • 当DNA水平的改变使用HGVS c.xxx格式时,AAC(Amino Acid Change)工具不注释3’ UTR区的变异。这影响使用Gx 7.5或者更早的版本基于更老的版本的ENSEMBL CDS track的所有分析。ACC分析需要使用Gx 7.5.1重新进行注释。注意:请也参考Gx 7.5发布公告中修正的一个错误,即当读码框不是在来自ENSEMBL输入的CDS注释的+1或者-1时将CDS翻译为蛋白质序列时会出错。

  • 修正了使用AO 或RO分型领域输入VCF文件时的错误。

  • 修正了输入某些VCF文件时产生的错误。

  • 在对某些输入的比对文件创建bootstrap value时“Maximum Likelihood Phylogeny”运行失败的错误被修正了。

  • 当通过滚动鼠标选择相关文件作为工具的参数时的错误被修正了。

  • Blast文本格式的结果改进了,从而显示正确的输入和检索结果位置,不管链的信息。

  • 修正了使用增补的比对作为read mapping输入的错误。当使用增补的比对输入read mapping时,增补的比对不能被输入。之前版本中这种read mapping的输入导致输入错误。

  • 修正了在缩小查看包含paired reads的reads track时罕见发生的的覆盖度的问题。

  • 修正了对Experiment table进行排序时罕见的错误。

  • 修正了罕见情况下Annotate和Merge Counts工具导致不正确的排序和崩溃的错误。

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