CLC Genomics Workbench V7.0.1 版本发布


2014年3月14日发布


新特色和改进:

  • 改进了RNA-seq Analysis的参数说明;

  • 现在可以进行批量的和非批量的VCF文件的输入,无需基因型信息;

  • 统计分析:改进了输入到“On Gaussian Data”和“On Proportions”的无效信息的报告;

  • Fasta输出:

  • 含有trimming的fasta文件的输出现在速度更快,消耗的内存更少。

  • 在输出fasta格式文件时有进度显示。

  • 当设定“Remove trimmed regions”选项时,Fasta输出文件将忽视被Trim注释覆盖的序列。

  • 翻译成蛋白质(批量进行):

  • 现在有设定是翻译编码区还是从注释信息中提取翻译的参数。

  • Log文件更详细,含有的信息更丰富。

  • 如果结果是单一的蛋白序列,输出就是这样,否则所有的序列以列表输出。

  • 如果工具估计的产生的蛋白序列超过1000000,产生蛋白序列将没有history记录,也不会拷贝通用名、拉丁名和分类。

  • PDB输入器对custom residue的支持性能提升了。


改变:

  • 输入VCF文件时:如果有多个count tag存在于VCF文件中,VCF tag的优先级如下:1)CLCAD2,2) AD,3) AO。

  • 在“Amino Acid Changes”工具中,DNA水平上的编码区的描述现在用HGVS推荐的命名法编写,考虑了非翻译区的突变。例如:“c.-4A>C”描述在起始密码子上有4碱基位置的一个SNV,而“c.*4A>C”描述在终止密码子下游4碱基位置的一个SNV。


修正的错误:

  • 在启动时workbench的窗口不能被正确定位的错误被修正;

  • 当用“Annotate from Known Variants”注释突变时,一小部分MNV消失的错误被修正;

  • GWB 7.0版本中“Restriction Site Analysis”工具忽视选中的酶切位点数目, 该错误被修正;

  • 解决了在垂直分割视图中表格过滤器不可见的问题;

  • 当“InDels and Structural Variation”在某些数据上输出ArrayIndexOutOfBounds exceptions的错误被修正;

  • 在进化发育树表格里“Metadata Import”的图标丢失的错误被修正;

  • “Filter Based on Overlap”接受expression track输入,但是不知道如何处理这些文件的错误别修正了;

  • 修正了workflow中可见的“RNA-seq Analysis”的打印错误;

  • 在de-novo assembly、Read Mapping Legacy插件、RNA-Seq Legacy插件和Transcript Discovery插件中long reads mapping上的错误被修正;

  • Multi BLAST结果列表中:丢失的“Description(E-value)”栏重新显示了;

  • Secondary Peak Calling工具中很少出现的一个错误被修正了;

  • workflow中的各个工具的连接不能被很好定位的问题被解决了;

  • 修正了某些导致De novo Assembly运行失败的错误;

  • 修正了某些导致RNA-Seq Analysis运行失败的错误;

  • 修正了由于失败的重命名操作导致的数据不能被正常使用的错误;

  • 修正了使用Turkish Locale settings时输入PDB文件失败的错误;

  • 输入Ensembl 75版本文件时的问题找到了。如果您之前输入过Ensembl 75版本的文件,请查看FAQ entry(http://helpdesk.clcbio.com/index.php?pg=kb.page&id=246)获得更详细的处理方法;

  • 修正了标记进化发育树的错误。新创建的进化树使用保存的通用树参数和子树文本。


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