CLC Genomics Workbench 7.0.4最新改进

发布日期:2014年5月14日


修正的错误:

  • 修正了在RNA-Seq Analysis中关于RPKM计算方面的错误。该错误自CLC Genomics Workbench 7.0中新的RNA-Seq工具引入。当计算RPKM时,使用gene reads总数,而没有使用exon reads总数。这样将只对有许多intron reads 匹配到基因上的情况有显著影响。该版本修正了这个错误。基于7.0-7.0.3版本计算RPKM的用户请参看我们的公告信息,其中包括了如何确定是否需要重新进行RNA-seq分析以及如果不可能重新分析如何处理。Legacy RNA-Seq 插件没有受此影响。

  • 修正了Filter against Control Reads工具的一个错误,即当即使有reads支持突变为“Replacement”时也引入一个没有被过滤器正确移除的插入。我们建议之前在CLC Genomics Workbench 7.0.X中使用该工具处理数据的用户使用7.0.4版本重新运行。

  • 修正了导致视图中的选项不在视图中间的错误。

  • 修正了导致Reassemble Contigs工具运行失败的错误。

  • 修正了在某些情况下查看表格时Workbench运行失败的错误。

  • 修正了在使用环形参考序列的单独的read mapping和含有环形序列的序列列表中使用“Find”时出现的问题。

  • 修正了有些情况下基于其他mapper产生的mapping文件和用BAM格式输入的文件进行“Local Realignment”时workbench运行失败的错误。

  • 修正了运行含有多个分支的workflow时有些分支部分不被运行的错误。


改进:

使用只有基因注释的RNA-seq analyses时可以选择是否计算这些基因(例如没有转录本的基因)的RPKM。

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