CLC Genomics Workbench V6.0.4 版本发布

发布日期:2013年5月15日


修正的错误:

1、修正了超过22条常染色体的基因组注释文本下载和输入发生的错误。

具体如下:

GWB 6.0.3和之前的版本中一些大基因组annotation tracks 被影响。

主要指除human外超过22条常染色体,注释文件中包含对X染色体和/或Y染色体和/或线粒体序列的其他基因组track注释信息的下载。

该问题只影响以track进行的注释输入或通过Download Genomes应用的注释信息。对通过6.0.3以及之前的版本中的Download Genomes获得的基因组信息,影响如下:

Bos Taurus(牛):chr23和25上错误的注释信息,X染色体和线粒体参考基因组上没有注释信息。

Danio rerio(斑马鱼):chr25上错误的注释信息,线粒体参考基因组上没有注释信息。

Gallus gallus(鸡):chr25上错误的注释信息,线粒体参考基因组上没有注释信息。

细节:当从注释文件中输入track时该问题导致如下错误:

文件中对X染色体的注释(详见下表)将应用于命名为chr23, 23或chromosome_23的序列,没有注释信息应用到X染色体上。

文件中对Y染色体的注释(详见下表)将应用于命名为chr24, 24或chromosome_24的序列,没有注释信息应用到Y染色体上。

文件中对线粒体的注释(详见下表)将应用于命名为chr25, 25或chromosome_25的序列,没有注释信息应用到线粒体上。

如果您的注释文本中的数据标签不满足以上任何一个,您的数据未被该错误影响。

该问题不影响:

基因组不超过22条常染色体的生物;

注释文件中不含X染色体、Y染色体和线粒体的注释信息;

使用Annotate with GFF工具添加到序列上的注释信息;

直接以序列格式或序列列表输入,或通过Search at NCBI功能下载的注释的序列;

直接以序列格式或序列列表输入或通过Search at NCBI功能下载的注释的序列,经过Convert to Tracks产生的基于track的注释信息;

任何对X、Y或线粒体参考基因组命名与上述列表中不同的注释文本。

现在的RNA-seq工具使用序列或序列列表的参考数据,而非tracks。如果您的参考信息不是从track生成的,那么您的数据和结果未被该错误影响。


如果您的数据被影响推荐您:

将CLC Genomics Workbench更新到最新的版本;删除annotation track,从原始的注释文件开始重新注释;重新进行基于这些注释信息的分析。

2、修正了workflow中的错误:在分析流程中分支步骤开始的步骤无法实现对每个步骤的参数调整。

3、修正了一些非人类生物的track数据输入时染色体名称自动关联的错误。

4、修正了在CLC Genomics Server上启动ChIP-Seq分析的错误。

5、修正了Find primer binding sites的错误。

6、修正了Quality-based Variant Detection的错误。

7、修正了target region stastics中零覆盖度不能被合理报告的错误。

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